İnstitutun yaradılmasında Bakı Dövlət Universitetinin İlahiyyat fakültəsi baza rolunu oynayıb. Fakültə 1992/93-cü tədris ilində Azərbaycan Respublikası Təhsil Nazirliyi, Bakı Dövlət Universiteti və Türkiyə Dəyanət Vəqfi arasında bağlanmış müqavilə əsasında təsis olunmuş və 2017-ci ilə kimi Bakı Dövlət Universitetinin nəzdində fəaliyyət göstərmişdir.
Cəmiyyətdə dinə olan marağı, savadlı mütəxəssislərin yetişdirilməsini və ilahiyyat elminin inkişafını təmin etmək üçün müstəqil ali təhsil müəssisəsinin yaradılmasına ehtiyac var idi. Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 2018-ci il 9 fevral tarixli 3654 nömrəli “Azərbaycan İlahiyyat İnstitutunun yaradılması haqqında” Sərəncamına əsasən, Azərbaycan Respublikası Dini Qurumlarla İş üzrə Dövlət Komitəsinin tabeliyində Azərbaycan İlahiyyat İnstitutu yaradıldı.
2018/2019-cu tədris ilində müvafiq Sərəncamla Bakı Dövlət Universitetinin İlahiyyat fakültəsinin ləğv edilməsi və Azərbaycan İlahiyyat İnstitutunun strukturuna daxil edilməsi məsələlərinin icrası Azərbaycan Respublikasının Təhsil Nazirliyi tərəfindən həyata keçirilmişdir.