Azərbaycan İlahiyyat İnstitutunun İlahiyyat fakültəsinə ümümi rəhbərlik dekanın başçılıq etdiyi seçkili orqan olan İlahiyyat fakültəsinin Elmi Şurası tərəfindən həyata keçirilir.
Fakültə Elmi Şurası İnstitutun rektorunun əmrinə əsasən 3 il müddətinə seçilir. Fakültə Elmi Şurasının sədri dekandır. Fakültə Elmi Şurasının vaxtından əvvəl yenidən seçilməsi onun üzvlərinin, ən azı, 2/3 hissəsinin tələbi ilə, həmçinin müstəsna hallarda İnstitut rektorunun təqdimatına görə həyata keçirilə bilər.
İlahiyyat fakültəsinin Elmi Şurasının tərkibinə tutduqları vəzifələrinə görə fakültə dekanı (sədr), dekan müavini (sədr müavini), fakültənin tərkibindəki bütün kafedraların müdirləri, Tələbə Elmi Cəmiyyətinin sədri daxil olur. Fakültə Elmi Şurasının digər üzvləri fakültənin professor-müəllim heyətinin ümumi iclasında gizli səsvermə yolu ilə seçilir. Fakültə Elmi Şurası üzvlərinin həmin seçilən say miqdarı İnstitutun rektoru tərəfindən müəyyənləşdirilir.
Fakültə Elmi Şurasının tərkibi İnstitutun rektoru tərəfindən təsdiq olunur.
Elmi Şuranın üzvləri:
- dos. E.A.Əzizova - Sədr, İlahiyyat fakültəsinin dekanı
- f.f.d. K.Y.Tağıyev - üzv, İlahiyyat fakültəsinin dekan müavini
- f.f.d. Ə.S.Niyazov - Elmi katib, İslamşünaslıq kafedrasının müdiri
- dos. İ.Ə.Əlimuradov - üzv, Dillər və ictimai fənlər kafedrasının müdiri
- dos. N.G.Abuzərov - üzv, İslamşünaslıq kafedrasımım müəllimi
- s.f.d. A.S.Qənbərov - üzv, Dinşünasliq kafedrasının müəllimi
- Nicat Ehtibar oğlu -üzv, tyutor