Ежегодно с целью подготовки к вступительным экзаменам в магистратуру анализируются учебные планы специализаций высших учебных заведений, и проводится их кластеризация. По каждому определенному направлению специализации разрабатываются программы приема, тестовые задания и осуществляется их тщательная экспертиза. Для ознакомления бакалавров с программами приема они публикуются в журнале «Магистр». Все материалы, определяющие содержание экзаменов, подготавливаются профессорско-преподавательским составом соответствующих кафедр специальностей вузов страны под руководством специалистов ГЭЦ.
Прием регулируется «Правилами приема в магистратуру высших учебных заведений Азербайджанской Республики и Национальной академии наук Азербайджана», утвержденными Постановлением Кабинета министров Азербайджанской Республики от 8 февраля 2017 года № 40. Согласно правилам бакалавры и другие лица с высшим образованием имеют право на поступление в магистратуру.
На экзамене приема в магистратуру логическое мышление, уровень знаний по информатике и иностранному языку проверяются тестовым методом. На экзамене бакалаврам предлагается 50 тестовых заданий для проверки логического мышления, 25 тестовых заданий по иностранному языку и 25 тестовых заданий по информатике. 5 вопросов по каждому блоку являются открытыми. Для ответа на экзаменационные вопросы выделяется 3 часа. Каждый правильный ответ бакалавра оценивается в один балл.
К конкурсу допускаются бакалавры, набравшие на вступительных экзаменах балл соответствующий условиям, определенным ГЭЦ.
В установленную дату бакалавры вносят выбранные специализации в электронную заявку в желаемом порядке, выбирают тип обучения (по государственному заказу или на платной основе), и подтверждают свои заявки.
Последовательность выбранных специализаций, указанная в заявке, принимается за правовую основу во время конкурса, и бакалавр зачисляется на первую специализацию, по которой он прошел конкурс, на основании набранного балла.