Факультет Теологии Бакинского государственного университета сыграл базовую роль в создании Института. Факультет был создан в 1992/93 учебном году на основе контракта, подписанного между Министерством Образования Азербайджанской Республики, Бакинским Государственным Университетом и Религиозным Фондом Турции, и функционировал при Бакинском государственном университете до 2017 года.
Для обеспечения интереса к религии в обществе, подготовки компетентных специалистов и обеспечения развития богословской науки существовала необходимость в создании независимого высшего учебного заведения.
В соответствии с Распоряжением Президента Азербайджанской Республики № 3654 от 9 февраля 2018 года «О Создании Азербайджанского Института Теологии» в подчинении Государственного Комитета по Работе с Религиозными Организациями Азербайджанской Республики был создан Азербайджанский Институт Теологии.
В 2018/2019-ом учебном году на основании соответствующего Распоряжения вопросы упразднения факультета Теологии Бакинского Государственного Универститета и включения его в структуру Азербайджанского Института Теологии были реализованы Министерством Образования Азербайджанской Республики.